Wehinger erhielt mit zehn Jahren Querflötenunterricht und begann mit vierzehn Jahren, auch Klavier zu spielen. Er absolvierte von 1978 bis 1982 eine klassische Ausbildung am Konservatorium in Feldkirch. Anschließend wandte er sich verstärkt dem Jazz zu und besuchte zwei Jahre lang die Jazzschule St. Gallen bei Albert Landolt und Art Lande; zusätzlich nahm er von 1987 bis 1989 Privatunterricht bei James Newton in Los Angeles. Er bildete eigene Bands mit amerikanischen Musikern, mit denen er vor allem eigene Kompositionen in Clubs wie dem Yoshies in Oakland oder der Knittering Factory in New York City aufführte. Auch trat er regelmäßig in der Schweiz, Österreich und Polen auf.
Neben bisher (2009) sechs Jazz-CDs bei Labels wie Minor Music oder Polygram legte er auch ein Soloalbum mit meditativer Flötenmusik vor. Er arbeitete weiterhin mit Kenny Werner, Marek Balata oder Adrian Mears tritt aber auch im Trio mit dem Vibraphonisten Urs Wiesner, dem Bassisten André Buser, dem Pianisten Chris Wiesendanger und dem Cellisten Daniel Pezotti auf.
Als Komponist schrieb er neben zahlreichen Jazzkompositionen, auch ausgehend von Jazzthemen Werke im Grenzbereich von Klassik und Jazz. 2001 wurde seine groß angelegte Komposition Double Entendre für Jazzquartett und Orchester im Festspielhaus Bregenz uraufgeführt. 2005 führte er auf Einladung der Philharmonie in Bydgoszcz neben diesem Werk zwei weitere Werke für die gleiche Besetzung (Summer Rain und Floating) auf.
Der in Basel lebende Wehinger hatte Lehraufträge an den Musikhochschulen Basel, Bern und Zürich inne und gab mehrere Meisterkurse an verschiedenen Hochschulen in Deutschland und den Vereinigten Staaten, etwa am New England Conservatory. Darüber hinaus veröffentlichte er das Buch „Eine kleine Geschichte des Jazz“ (2006; ISBN 3-9523103-2-8).