Günter Wehinger studierte klassische Querflöte am Konservatorium in Feldkirch (A) und schloss 1983 mit dem Lehrdiplom ab. Anschliessend wandte er sich vermehrt dem Jazz zu und begann ein Jazzstudium in St. Gallen (CH). 1987 übersiedelte er nach Kalifornien und erhielt Privatunterricht bei James Newton in Los Angeles (1987 – 89). Nach seiner Rückkehr nach Europa folgte eine rege Konzerttätigkeit mit vorwiegend eigenen Ensembles. Neben zahlreichen Konzerten in Europa (Schweiz, Österreich, Frankreich, Deutschland, Italien, Polen) unternahm er mehrere Tourneen in die USA mit Konzerten u.a. in New York, Boston, San Francisco, Denver oder Santa Fe mit verschiedenen Ensembles (Jazz, Klassik, freie Improvisation). In Japan spielte er mit dem Trio «World Triangle» über 20 Konzerte in Städten wie Tokyo, Kyoto, Nagoya oder Yokohama.
Bisher (2023) veröffentlichte Günter Wehinger als Leader oder Co-Leader neben einer Solo-CD mit meditativer Flötenmusik 12 CDs mit Jazz oder jazzverwandter Musik bei renommierten Labels wie Minor Music oder Polygram mit Musikern wie Art Lande, Paul McCandless, Pheeroan AkLaff, Peter Herbert, Anthony Cox, Julio Azcano oder Karin Nakagawa.
Wehinger ist Komponist zahlreicher Jazzkompositionen sowie Werken im Grenzbereich von Klassik und Jazz. Höhepunkt war 2001 die Uraufführung der dreisätzigen Komposition „Double Entendre“ für Jazzquartett und Orchester im Festspielhaus in Bregenz (A). Es folgten weitere Aufführungen in Feldkirch (A) und Bydgoszcz (Polen).
Seit 1999 ist Wehinger Dozent für Jazzflöte, Improvisation und Ensemblespiel an den Musikhochschulen in Basel und Zürich. Darüber hinaus gab er Meisterkurse an verschiedenen Hochschulen und Universitäten in Europa und den USA.
2006 erschien bei AURA Edition sein Buch «Die kleine Geschichte des Jazz».